真言密教の歴史は、大乗仏教を大成する形で7世紀頃のインドに始まり、現在の中国に伝わり体系化されたと言われています。延暦23年(804年)弘法大師(空海)が、遣唐使藤原葛野麻呂に従って唐へ渡り、首都長安の青竜寺で寸法第七祖の恵果阿闍梨から、真言密教の奥義を授かり日本へと伝えられました。

弘法大師によって開宗された真言宗は、東寺や高野山を修行と修法の根本道場として広められ、日本における密教思想の体系化が図られました。

平安時代末期には、興教大師(覚鑁)によって、高野山に大伝法院と密厳院が建立され、沈滞していた教学の振興と密教の刷新が試みられました。その後、覚鑁は多くの衆徒とともに紀州根来山に赴き、密教の研鑽と学徒の育成に力をそそぎました。

鎌倉時代には、頼喩僧正によって新義真言宗が成立し根来山を中心に栄えましたが、天正13年(1585年)豊臣秀長の根来焼き打ちで堂宇2700余を焼かれ、専誉僧正をはじめ多くの僧徒は根来山を離れることになりました。のち天正16年(1588年)秀長に招かれた専誉僧正は長谷寺に移り、この地に根来山の中性院と小池坊を再興して教学の復興にあたり、豊山派を興しました。派名は長谷寺の山号「豊山」に由来します。また、江戸時代には5代将軍徳川綱吉の生母桂昌院により、護国寺が建立されました。